Я полагаю, вы создаете группу узлов с помощью CloudFormation?
В этом случае вы можете добавить --kubelet-extra-args --register-with-taints={key}={value}:NoSchedule
в качестве $ {BootstrapArguments} для LaunchConfig
/etc/eks/bootstrap.sh ${clusterName} ${BootstrapArguments}
Таким образом, всякий раз, когда вы увеличиваете или уменьшаете размер кластера, будет создаваться узел с соответствующей порчей.