Вот как бы я это сделал. Я буду использовать оригинал-репо, новый-репо1 и новый-репо2 в качестве резервных для ваших репозиториев:
cd ~
git clone original-repo new-repo1
cd new-repo1
git rm -r stuff-you-dont-want
git commit
cd ~
git clone original-repo new-repo2
cd new-repo2
git rm -r different-stuff-you-dont-want
git commit
Теперь у вас будет две разные папки с двумя расходящимися копиями репо. Затем вы можете обновить исходные пульты, чтобы они указывали на различные удаленные репозитории (например, на Github).
cd ~/new-repo1
git remote set-url origin new-repo1-url
git push -u origin master
cd ~/new-repo2
git remote set-url origin new-repo2-url
git push -u origin master