Это невозможно. Если имя указано неоднозначно, не ясно, к чему относится userStory.
Вы можете либо иметь 2 разных имени отношения, либо иметь конструкцию, подобную следующей, и соответственно фильтровать:
type User {
stories: Story! @relation(name: "userStories")
}
type Story {
author: User! @relation(name: "userStories")
isPrimary: Boolean!
}