Я думаю, что ваш массив содержит целочисленные значения, и вы пытаетесь найти в виде строки, поэтому он возвращает -1
var arr=[1,1,1,1]
console.log(JQuery.inArray('1', arr )) // return -1
var arr=[1,1,1,1]
console.log(JQuery.inArray(1, arr )) // return 0