Используйте параметр ввода -stream_loop -1
и добавьте параметр shortest=1
к любому наложению с бесконечно повторяющимся GIF в качестве входа.
Упрощенный пример:
ffmpeg -i video.mp4 -stream_loop -1 -i 1.gif -filter_complex "overlay=shortest=1:format=auto" output.mp4
Чтобы избежать желтые линии добавляют фильтры palettegen и paletteuse :
ffmpeg -i video.mp4 -stream_loop -1 -i 1.gif -filter_complex "overlay=shortest=1:format=auto,split[s0][s1];[s0]palettegen[p];[s1][p]paletteuse" output.gif
Вы используете FFmpeg 3.0.1, который действительно старый, поэтому вам придется изменить auto
до rgb
.