Для больших файлов преобразование в текст и затем повторный анализ компилятором неэффективно и не нужно. Используйте objcopy вместо:
objcopy -I binary -O elf32-i386 stuff stuff.o
(При необходимости измените архитектуру вывода для платформ, отличных от x86.) Затем, когда вы свяжете ее с вашей программой, вы сможете получить к ней доступ следующим образом:
extern char _binary_stuff_start[], _binary_stuff_end[];
#define SIZE_OF_STUFF (_binary_stuff_end - _binary_stuff_start)
...
foo(_binary_stuff_start[i]);