ОК, я только что понял, это довольно просто.
На стороне сервера все, что вам нужно сделать, это указать конечную точку, которую вы хотите при настройке сервера.
app.UseGraphQL<YourSchema>("/yourNewEndPoint");
на стороне клиента также необходимо изменить URI, который вы передаете httpLink
const http = httpLink.create({
uri: 'http://localhost:port/yourNewEndPoint'
});