Получить имя гена и молекулярную функцию из генной онтологии с помощью Wikidata - PullRequest
Новая
       8

Получить имя гена и молекулярную функцию из генной онтологии с помощью Wikidata

1 голос
/ 09 апреля 2020

Я пытаюсь получить имя гена, молекулярную функцию для каждого гена, но получаю ошибку:

Превышен лимит времени ожидания запроса

Это текущий У меня есть запрос: 

SELECT ?geneLabel ?molecular_functionLabel WHERE {
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "[AUTO_LANGUAGE],en". }
  OPTIONAL { ?gene wdt:P680 ?molecular_function. }
  ?gene wdt:P31 wd:Q7187.
}

Однако при добавлении LIMIT в конец я получаю результаты: 

SELECT ?geneLabel ?molecular_functionLabel WHERE {
      SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "[AUTO_LANGUAGE],en". }
      OPTIONAL { ?gene wdt:P680 ?molecular_function. }
      ?gene wdt:P31 wd:Q7187.
}

LIMIT 100

Мой вопрос: что может быть, я делаю неправильно? или это должно быть отфильтровано по белковому домену, например, по кеторедуктазе, чтобы избежать получения результатов, которые достигают предела? И как я могу объединить две онтологии, такие как онтология генов и онтология хромосом?

id онтологии кеторедуктазы: https://www.wikidata.org/wiki/Q62989273

...