Из документации docker docker удаление системы -
Remove all unused containers, networks, images (both dangling and unreferenced), and optionally, volumes.
$ docker system prune
WARNING! This will remove:
- all stopped containers
- all networks not used by at least one container
- all dangling images
- all build cache
Опция -a, если добавлено -a, удаляет все неиспользуемые изображения, а не только свисающие. Следовательно, если вы хотите сохранить эти изображения, вам следует избегать опции -a. Похоже, действительно использовалась "-a", которая удаляла неиспользуемые изображения.