Это то, что вы после? Я установил некоторые случайные элементы в False только для иллюстрации.
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.DataFrame([[True]*3]*5, columns=['col1', 'col2', 'col3'])
df.iloc[0, 2] = False
df.iloc[1, 1] = False
df.iloc[4, 0] = False
x, y = np.where(df == False)
y = y + 1 # just to match example columns names
plt.figure()
plt.scatter(x, y)
plt.show()