Является ли ваш шаблон файлом, который вы передаете? Или это просто общая структура? Вы можете прочитать файл (csv) raw, разделить запятыми и сгенерировать json.
$ jq -R '
split(",") as [$name, $profile, $os]
| {$name, $profile: selector: {mac: "4c:pc:ef:4d:33:29", $os}}
' input.csv
В противном случае загрузите шаблон и при необходимости обновите поля. Вы можете обновить их по отдельности или просто объединить.
$ jq -R --argfile template template.json '
split(",") as [$name, $profile, $os]
| $template * {$name, $profile, selector: {$os}}
' input.csv