Вы можете ссылаться на что угодно, кроме значений -999, используя
DataFrame[!DataFrame$DataColumn == -999, ]
Это в основном заставит R игнорировать все, что имеет значение -999 для данного конкретного анализа. Кроме того, вы можете удалить все значения -999, просто используя эту строку.
DataFrame <- DataFrame[!DataFrame$DataColumn == -999, ]