Это непреднамеренное последствие принятия команд построения в виде:
plot $data using x:y1:y2 with filledcurves {options}
, которое необходимо для поддержки заполнения области между двумя кривыми. Поскольку в вашем примере второе значение y не инициализировано, оно остается равным нулю и влияет на диапазон автоматического масштабирования по y.
В разрабатываемой версии (и в -rc1 для 5.4, которую вы должны загрузить и протестировать), обходной путь заключается в принудительном использовании опции closed
даже при наличии трех столбцов ввода:
plot $data using 1:2:2 with filledcurves closed
К сожалению, версия 5.2 не принимает здесь closed
в качестве ключевого слова. Так что да, это ошибка.
Если вам случается знать координаты некоторой точки внутри (например, [7,7] в этом случае), то вы также можете использовать опцию:
plot $data using 1:2 with filledcurves xy=7,7