Это не анти-паттерн, если эти Jenkinsfile имеют разные области видимости, которые как можно больше не связаны. В долгосрочной перспективе риск сохранения двух отдельных файлов Jenkinsfile заключается в распространении дублированного кода на каждый. Для сложных проектов, я думаю, что вполне нормально иметь другой Jenkinsfile, но обычно я бы порекомендовал сделать вещи максимально простыми, и заставляя себя использовать только один Jenkinsfile, вы избежите ошибок и решений, о которых вы пожалеете в долгосрочной перспективе.
Совершенно возможно запустить только указанные c этапы в зависимости от обнаруженных изменений файла (например: пропустить развертывание, если обновлена только внутренняя документация), или пропустить этапы в зависимости от имен ветви или некоторых условий.