В Git вы не можете фиксировать пустые папки, потому что Git на самом деле не сохраняет папки, только файлы. Поэтому удаление всех файлов в каталоге будет эффективно «удалять» его из вашего хранилища. Это означает, что ваши примеры 1. и 2. идентичны.
Пример 3. будет отличаться: файл, в котором удалено только его содержимое, покажет вам разницу всех удаленных строк, а удаленный файл покажет вам сообщение: «Этот файл был удален», это выглядит так: