В зависимости от того, какое программное обеспечение вы собираетесь установить, вы даже не сможете отключить модули AppStream (из-за зависимостей или из-за необходимости более новой версии библиотеки или около того).
Независимо от того, используется ли AppStream модули включены или нет, не имеет значения, за исключением того, что вы устанавливаете пакеты из таких модулей AppStream - особенно если они перекрываются с вашим пользовательским программным обеспечением: представьте, что вы устанавливаете httpd из модуля AppStream, и вы также компилируете его самостоятельно, используя те же пути… следующий dnf update заменит ваши двоичные файлы на те, которые находятся в обновленном RPM-пакете из модуля AppStream.