Почему атрибут_имя_индекса в JVM Classfile является индексом?
Потому что именно это они и указали. Для лучшего или худшего.
Обратите внимание, что исходный формат файла класса был определен в начале 1990-х годов, задолго до того, как Java был назван Java; см. Почему Java версии файлов классов начинаются с 45? .
В чем преимущества текущей спецификации?
Но все это спорный вопрос ... если Вы намереваетесь реализовать новый собственный формат файла классов.