На самом деле ничего нельзя сделать с кластером свободного уровня, кроме как использовать его там, где он находится.
Если под "вторичной репликой" вы подразумеваете автономный экземпляр mongodb, работающий на вашей локальной машине, который имеет все те же данные, вы должны иметь возможность использовать mongodump для экспорта ваших данных из Atlas и mongorestore для импорта их в локальный экземпляр.