Вы можете индексировать с пропуском в срез, как это, и установить значения по своему усмотрению:
index = 3
newvalue = 100
values = np.array([1, 2, 3,4,5, 6, 7, 8, 9, 10])
values[::index] = newvalue
values
# array([100, 2, 3, 100, 5, 6, 100, 8, 9, 100])