Если программа python использует текущий рабочий каталог, который неправильно установлен, когда вы запускаете его как дочерний процесс из node.js, то она может не найти свои файлы должным образом, и этот текущий рабочий каталог, скорее всего, будет отличается при запуске с spawn()
.
Существует опция spawn для передачи текущей рабочей директории, которую вы хотите установить для нового процесса. Или вы можете изменить программу python, чтобы она не зависела от текущего рабочего каталога.