Если вы используете * nix, пробовали ли вы XPDF ?
Здесь есть запись в блоге здесь о том, как кто-то использовал ее для своих клиентов - будет ли она полезна, я не уверен.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Кажется, здесь есть некоторый код , который мог бы помочь - простой класс, который читает PDF в открытый текст. Не уверен, поддерживает ли он расшифровку.
EDIT2: В документации PHP также есть ряд ресурсов, которые могут вам помочь. Нажмите.
EDIT3: FPDF и FPDI также могут помочь. Вероятно, ваша лучшая ставка после некоторого исследования.