scp /path/to/.hiddenfile user@remote.ext:/remote/path
(для копирования всего скрытого каталога)
В зависимости от того, что именно вы хотите сделать
scp /path/to/.hiddendir/* user@remote.ext:/remote/path
(для копирования всех файлов в скрытом каталоге)
scp /path/to/.* user@remote.ext:/remote/path
(Для копирования всех скрытых файлов / папок в папке)