Если ваша пользовательская программа является исполняемым файлом, самый простой способ - вызвать исполняемый файл с помощью Exec:
<Exec Command="your executable" />
Я бы порекомендовал написать собственное задание MSBuild. Вы можете посмотреть Задачи SDC , чтобы узнать, как это сделать.