Я сгенерировал не большой граф в python и с использованием neato получил
Видимо, это не так не принимайте во внимание ни формы, ни размеры узлов. Я думаю, что такие механизмы разметки не должны существовать, потому что они вообще не являются механизмами разметки.
Есть ли здесь какие-либо обычные механизмы разметки, которые обычно учитывают размеры узлов?