Похоже, ваше выражение исключения из глобуса не совсем верно. Выражение **/node_modules/** ищет абсолютные имена файлов из пути поиска, в котором должна присутствовать строка /node_modules/. Но запуск zip по вашему текущему пути не будет включать начальный / для любого из имен файлов / каталогов в node_modules. Я бы предложил сделать это как '*node_modules*' или './node_modules/*' или 'node_modules/*' для определения пути исключения.
Также обратите внимание, что использование ** в шаблоне glob не означает то же самое, что использование простого wild расширение карты как *. Первый из них имеет особое значение в zip, если включена опция --wild-stop-dirs. См. zip (1) - Linux справочную страницу