Здесь запустите процесс с аргументом и после запуска процесса дождитесь завершения процесса. после окончания запуска следующей строки кода.
import psutil , time , subprocess
shell_command = 'start netfx3\\dotnet2xp.exe /q:a /c:"install /q"'
subprocess.call(shell_command.split(), shell=True)
for process in psutil.process_iter():
if process.name() == 'dotnet2xp':
while process == True:
time.sleep(0.25)
break()
print('process end')