С помощью sed:
sed -n '/#base config/q;p' file
Или с помощью awk:
awk '/#base config/{exit};1' file
Таким образом, вы можете заменить строку sed в вашем скрипте на эти два:
sed -n '/#base config/q;p' "$filename" > tmpfile
mv tmpfile "$filename"
Обратите внимание, я дважды цитировал переменную, это хорошая практика.