Попробуйте так:
$module=DB::table('r_module')
->leftJoin('r_perm','r_perm.module_id','=','r_module.id')
->where('r_perm.role_id', $id)
->orWhere('r_perm.role_id', 'IS NULL')
->get();
Вы также можете отладить этот запрос с помощью функции 'dd ()' следующим образом:
dd(DB::table('r_module')
->leftJoin('r_perm','r_perm.module_id','=','r_module.id')
->where('r_perm.role_id', $id)
->orWhere('r_perm.role_id', 'IS NULL')
->toSql());
Это должно поставить вас на путь, чтобы сделать генерируется так, как вам нужно.