Не удалось установить пакет "ncdf4" в R studio - PullRequest
Новая
       20

Не удалось установить пакет "ncdf4" в R studio

0 голосов
/ 07 января 2020

Я пытаюсь установить пакет R под названием "ncdf4". Я попытался установить его в разделе «пакеты» в интерфейсе R-studio, но также попытался ввести install.packages("ncdf4") в консоль.

Это вывод, который я получаю в обоих случаях: 

Installing package into ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/ncdf4_1.17.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 124458 bytes (121 KB)
==================================================
downloaded 121 KB

* installing *source* package ‘ncdf4’ ...
** package ‘ncdf4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
configure.ac: starting
checking for nc-config... no
-----------------------------------------------------------------------------------
Error, nc-config not found or not executable.  This is a script that comes with the
netcdf library, version 4.1-beta2 or later, and must be present for configuration
to succeed.

If you installed the netcdf library (and nc-config) in a standard location, nc-config
should be found automatically.  Otherwise, you can specify the full path and name of
the nc-config script by passing the --with-nc-config=/full/path/nc-config argument
flag to the configure script.  For example:

./configure --with-nc-config=/sw/dist/netcdf4/bin/nc-config

Special note for R users:
-------------------------
To pass the configure flag to R, use something like this:

R CMD INSTALL --configure-args="--with-nc-config=/home/joe/bin/nc-config" ncdf4

where you should replace /home/joe/bin etc. with the location where you have
installed the nc-config script that came with the netcdf 4 distribution.
-----------------------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘ncdf4’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ncdf4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ncdf4’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpXcbO2y/downloaded_packages’

Кто-нибудь может расшифровать, что пошло не так из предоставленного мною кода? Спасибо.

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 08 января 2020

Мне наконец удалось установить ncdf4.

Я прочитал похожую проблему здесь: https://r.789695.n4.nabble.com/Problem-installing-ncdf-library-td4646986.html

Я установил все пакеты libnetcdf в терминале linux, набрав: sudo apt install libnetcdf-*

0 голосов
/ 07 января 2020

Если вы используете Ubuntu18.04 или его производную версию, вы можете найти библиотеку netcdf4.1, выполнив: 

sudo apt-cache search libnetcdf

В моем сеансе (Linux Mint) я получаю : 

libnetcdf-c++4 - legacy NetCDF C++ interface
libnetcdf-c++4-1 - C++ interface for scientific data access to large binary data
libnetcdf-c++4-dbg - debugging symbols for NetCDF C++
libnetcdf-c++4-dev - creation, access, and sharing of scientific data in C++
libnetcdf-c++4-doc - NetCDF C++ API documentation
libnetcdf-cxx-legacy-dbg - debugging symbols for legacy NetCDF C++ interface
libnetcdf-cxx-legacy-dev - legacy NetCDF C++ interface - development files
libnetcdf-dev - creation, access, and sharing of scientific data
libnetcdf13 - Interface for scientific data access to large binary data
libnetcdff-dbg - debugging symbols for NetCDF Fortran
libnetcdff-dev - creation, access, and sharing of scientific data in Fortran
libnetcdff-doc - NetCDF Fortran documentation
libnetcdff6 - Fortran interface for scientific data access to large binary data

Итак, установка libnetcdf-c++4-1 должна решить вашу проблему: 

sudo apt-get update
sudo apt-get install libnetcdf-c++4-1

Ответ на ваш вопрос?

...