Согласно рекомендациям по обзору App Store, вы ДОЛЖНЫ опубликовать sh приложение с идентификатором Apple своих клиентов, поскольку оно имеет название и марку. Или вы можете опубликовать sh самостоятельно с юридическим письменным заявлением, в котором говорится, что вы можете использовать их бренд для публикации sh приложения.
В руководстве 5.2 об этом говорится более подробно.
https://developer.apple.com/app-store/review/guidelines/
Для Google Play все то же самое, но реализация появилась совсем недавно. Лично я не пытался подать приложение для клиента после того, как Google опубликовал эти новые правила, но я делал это один раз (2 месяца go) и пока никаких проблем.
Вы можете посмотреть на это правила более подробно здесь:
https://play.google.com/about/ip-impersonation/ip/
Теперь, говоря об идентификаторе пакета и идентификаторе приложения, они должны быть разными. Для имени приложения это не будет проблемой, но для идентификатора приложения и комплекта они должны отличаться.
Для ваших решений все работает нормально. Но, по моему опыту, очень удобное приложение, которое опирается на конфигурационные файлы для настройки интерфейса для каждого клиента. Я знаю, что каждый клиент будет запрашивать пользовательские модификации, но для этого вы можете использовать ветки для каждой из них и постоянно обновлять их до главной ветки.