Вы разделяете логику в другой сборке? Если это так, то вы также должны ссылаться на него в веб-приложении. Вы можете добавить его в web.config
<compilation debug="true">
<assemblies>
<add assembly="System.Core, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Web.Extensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add assembly="System.Web.Abstractions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add assembly="System.Web.Routing, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add assembly="System.Web.Mvc, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35"/>
<add assembly="System.Data.DataSetExtensions, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Xml.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
<add assembly="System.Data.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089" />
</assemblies>
</compilation>