Да, идентификатор документа неизвестен, и мне нужно проверить все документы. вот тот, который я нашел и сейчас отлично работает, дайте мне знать, если это можно оптимизировать.
void onSeenMessages () async {
CollectionReference ref = Firestore.instance
.collection('messages')
.document(groupChatId)
.collection(groupChatId);
QuerySnapshot eventsQuery = await ref.where('idTo', isEqualTo: id).where('isSeen', isEqualTo: 0).getDocuments();
eventsQuery.documents.forEach((msgDoc) {
msgDoc.reference.updateData({'isSeen': 1});
});
}