Вы смотрели на команду mtext()
? Вы смотрели на par(oma=c(...))
вариант? Попробуйте что-то вроде
oldpar <- par(oma=c(0,0,2,0), mar=c(3,3,3,1), mfrow=c(1,2))
plot(cumsum(rnorm(1:100)), main="First plot", type='l')
plot(cumsum(rnorm(1:100)), main="Second plot", type='l')
mtext("Overall title", outer=TRUE, cex=1.5)
par(oldpar)