Я думаю, что проблема в том, как вы запускаете команду:
java Convert -classpath `echo ../lib/* ../../lib/* | sed 's/ /:/g'`
должно быть
java -classpath `echo ../lib/* ../../lib/* | sed 's/ /:/g'` Convert
Синтаксис командной строки для команды "java":
javac [ <options for the JVM> ... ] <classname> [ <application args> ... ]
Если вы добавите опцию "-classpath" после имени класса, она будет рассматриваться как аргументы приложения, и вы запустите приложение, используя путь к классу по умолчанию.