Я бы сделал несколько вещей:
Проверьте журналы событий Windows на наличие ошибок, связанных с Интернетом.
Проверьте журналы IIS, чтобы убедиться, что в запросах есть что-то странное.
Дважды проверьте разрешения всех новых файлов, убедитесь, что они совпадают с файлами, которые работают.
Выполните сброс IIS после развертывания.
Убедитесь, что ваш виртуальный каталог или подпапки правильно настроены в IIS и не изменились при развертывании.