Ваши фильтры должны быть следующими:
filters =
[{
'Name':'tag:env',
'Values': ['not tagged']
}]
response=client.describe_instances(Filters=filters)
, а затем, например, вы можете дополнительно фильтровать и выбирать только идентификаторы экземпляров + гипервизор:
for r in response['Reservations']:
for i in r['Instances']:
print(i['InstanceId'], i['Hypervisor'])