Я создал 8 фрагментов из файлов CSV. Каждый столбик имеет общий столбец person_id. Значения в person_id являются целыми числами, и я хотел бы, чтобы они были факторами.
Я использую tidyverse
Импорт
drugs <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_drugs.csv"))
flowsheet_dirty <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_flowsheet_dirty.csv"))
measurements_clean <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_measurements_clean.csv"))
measurements_dirty <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_measurements_dirty.csv"))
procedures_cpt <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_procedures_cpt.csv"))
vent_dirty <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_vent_dirty.csv"))
visits <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/icu_sample_visits.csv"))
person <- as_tibble(read.csv("../raw_data/icu_covid_sample/sample_icu_person.csv"))
Создание списка
data_list <- list(drugs = drugs, flowsheet_dirty = flowsheet_dirty, measurements_clean = measurements_clean, measurements_dirty = measurements_dirty, procedures_cpt = procedures_cpt, vent_dirty = vent_dirty, visits = visits, person = person)
Некоторые выходные данные:
> summary(data_list)
Length Class Mode
drugs 12 tbl_df list
flowsheet_dirty 38 tbl_df list
measurements_clean 13 tbl_df list
measurements_dirty 13 tbl_df list
procedures_cpt 4 tbl_df list
vent_dirty 12 tbl_df list
visits 18 tbl_df list
person 39 tbl_df list
В каждом столбце списка есть столбец "person_id"
ex. наркотики $ person_id, посещения $ person_id, et c.
> seq_along(data_list)
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8
Я хотел бы повторить с a для l oop, чтобы преобразовать каждый столбец person_id в факторные данные, а не в целое число. В более общем смысле, я хочу знать, как применять функции к группе тиблей, располагая их в списке.
for (i in seq_along(data_list)) {
data_list[i]$person_id <- as.factor(data_list[i]$person_id)
}
Вывод ошибки:
number of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement length
Один тест (должен быть сделано до l oop ошибка)
data_list$drugs$person_id <- as.factor(data_list$drugs$person_id)
> is.factor(data_list$drugs$person_id)
[1] TRUE
> is.factor(data_list$visit$person_id)
[1] FALSE
Это также не работает:
for (i in seq_along(data_list)) {
data_list[[i]]$person_id <- as.factor(data_list[[i]]$person_id)
}
Ошибка:
Unknown or uninitialised column: `person_id`.Error: Assigned data `as.factor(data_list[[i]]$person_id)` must be compatible with existing data.
x Existing data has 6 rows.
x Assigned data has 0 rows.
i Only vectors of size 1 are recycled.
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
> rlang::last_error()
<error/tibble_error_assign_incompatible_size>
Assigned data `as.factor(data_list[[i]]$person_id)` must be compatible with existing data.
x Existing data has 6 rows.
x Assigned data has 0 rows.
i Only vectors of size 1 are recycled.
Backtrace:
1. base::`$<-`(`*tmp*`, "person_id", value = structure(integer(0), .Label = character(0), class = "factor"))
2. tibble:::`$<-.tbl_df`(`*tmp*`, "person_id", value = structure(integer(0), .Label = character(0), class = "factor"))
3. tibble:::tbl_subassign(...)
4. tibble:::vectbl_recycle_rhs(...)
5. base::tryCatch(...)
6. base:::tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
7. base:::tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
8. value[[3L]](cond)
Run `rlang::last_trace()` to see the full context.
> rlang::last_trace()
<error/tibble_error_assign_incompatible_size>
Assigned data `as.factor(data_list[[i]]$person_id)` must be compatible with existing data.
x Existing data has 6 rows.
x Assigned data has 0 rows.
i Only vectors of size 1 are recycled.
Backtrace:
x
1. +-base::`$<-`(`*tmp*`, "person_id", value = structure(integer(0), .Label = character(0), class = "factor"))
2. \-tibble:::`$<-.tbl_df`(`*tmp*`, "person_id", value = structure(integer(0), .Label = character(0), class = "factor"))
3. \-tibble:::tbl_subassign(...)
4. \-tibble:::vectbl_recycle_rhs(...)
5. \-base::tryCatch(...)
6. \-base:::tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
7. \-base:::tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
8. \-value[[3L]](cond)
>
Так что я знаю, что с 8 команд Я могу преобразовать столбцы person_id в целые числа, но у меня возникают проблемы с этим в al oop. Кроме того, возможно, mutate () мог бы помочь мне, однако я хотел бы быть легким с итерациями. Кроме того, я не уверен, что мой data_list должен быть списком. Возможно, это должен быть вектор или что-то еще. Любая помощь приветствуется.