Вопрос показывает, как копировать аксиомы - так, сами сущности будут существовать в целевой онтологии, но их определения (например, домены и диапазоны для свойств) определены в отдельных аксиомах, которые вам придется копировать отдельно.
Если вы хотите sh скопировать все аксиомы, относящиеся к сущности, используйте третий показанный вариант - аксиомы по ссылке. Если вы хотите скопировать весь модуль (как описано здесь http://owl.cs.manchester.ac.uk/research/modularity/), я не уверен, что Protege предлагает опцию в интерфейсе. Это, безусловно, выполнимо с помощью кода.