Я новичок в bash и пишу скрипт "для l oop" для запуска последовательностей метагенома из программного обеспечения fastq c. Моя проблема заключается в создании выходного файла для этих нескольких последовательностей, где в идеале было бы иметь файл с переменными, такими как Assembly_ "что-то" для каждого образца (assembly_something1; Assembly_something2 ...). Однако я не могу выполнить этот последний шаг, я оставляю свой сценарий ниже, если кто-нибудь может сказать мне, как это сделать, был бы признателен. Спасибо!
#!/bin/bash
cd Metagenomas
set -x
for forward in *R1_001.fastq; do
prefix="${forward%R1_001.fastq}"
reverse="${forward%R1_001.fastq}R2_001.fastq"
echo "$prefix $forward $reverse 12"
fastqc -1 $forward -2 $reverse -t 15 -o /home/joaopedro-coelho/assembly_"$prefix"
done