R entrez соавторский анализ - PullRequest
Новая
       13

R entrez соавторский анализ

0 голосов
/ 10 апреля 2020

Я действительно новичок в XML. Мне нужно построить сетевой график, поэтому я пытаюсь получить информацию из PubMed. Я осмотрелся и нашел код, однако в коде есть некоторые проблемы.

Вот код 

pubmedSearch <- entrez_search(db="pubmed", term="Nabin Poudel[AUTH]")
SearchResults<-entrez_fetch(db="pubmed", npoudel$ids, rettype="xml", parsed=TRUE)


parse_author <- function(author){
    fn  <- xmlValue(author[["ForeName"]])
    ln  <- xmlValue(author[["LastName"]])
    aff <-paste(xpathApply(author, "AffiliationInfo/Affiliation", xmlValue), collapse="; ")
    list(forname=fn, lastname=ln, affiliation=aff)
  }

parse_paper <- function(paper){
  author_info <- xpathApply(paper, ".//AuthorList/Author", parse_author)
  res <- do.call(rbind.data.frame, author_info)
  if (length(res)==0){
    res <- data.frame(forname=NA,lastname=NA, affiliation=NA)
  }
  res$pmid <-xpathSApply(paper, ".//ArticleId[@IdType='pubmed']", xmlValue)
  res
}

parse_multiple_papers <- function(papers){
    res <- xpathApply(papers, "/PubmedArticleSet/*", parse_paper)
    do.call(rbind.data.frame, res)
  }
head(parse_multiple_papers(SearchResults))


this is the error I am having 

> head(parse_multiple_papers(SearchResults))
 Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, pmid, value = c("31502239", "21492271",  : 
  replacement has 38 rows, data has 3
...