В Java генерики стираются во время компиляции, поэтому лучшее, что вы можете сделать, это:
conf2.setOutputKeyClass(Tuple.class);
Если вы можете, чтобы сделать это лучше, вы можете создать подкласс Tuple, чтобы сохранить тип во время выполнения:
public class IntWritableTextTuple extends Tuple<IntWritable, Text> {}
А затем используйте это в качестве параметра для setOutputKeyClass.
Обратите внимание, я ничего не знаю о Hadoop, так что это может не иметь никакого смысла, но в целом с java Generics это то, что вы делаете.