'ошибка: нет соответствующей функции для вызова' bpp :: Parameter :: setConstraint 'в BioPP / bpp-phyl - PullRequest
Новая
       4

'ошибка: нет соответствующей функции для вызова' bpp :: Parameter :: setConstraint 'в BioPP / bpp-phyl

0 голосов
/ 11 марта 2020

Я пытался установить BioPP / bpp-phyl, полученный с помощью 

git clone https://github.com/BioPP/bpp-phyl.git

Я использовал cmake для компиляции: 

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=[where to install, for instance /usr/local or $HOME/.local]

И затем я попытался использовать make. Он показывает мне следующую ошибку: 

/home/ceglab2/Downloads/dignn/bpp-phyl/src/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp: In static member function ‘static bpp::TreeLikelihood* bpp::PhylogeneticsApplicationTools::optimizeParameters(bpp::TreeLikelihood*, const bpp::ParameterList&, std::map<std::__cxx11::basic_string<char>, std::__cxx11::basic_string<char> >&, const string&, bool, bool, int)’:
/home/ceglab2/Downloads/dignn/bpp-phyl/src/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp:922:62: **error: no matching function for call to ‘bpp::Parameter::setConstraint(bpp::Constraint*, bool)’
           par.setConstraint(ic & (*par.getConstraint()), true);**

/usr/local/include/Bpp/Numeric/Parameter.h:269:18: note:   candidate expects 1 argument, 2 provided
/home/ceglab2/Downloads/dignn/bpp-phyl/src/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp:927:45: **error: no matching function for call to ‘bpp::Parameter::setConstraint(bpp::IntervalConstraint*, bool)’
           par.setConstraint(ic.clone(), true)**;

/usr/local/include/Bpp/Numeric/Parameter.h:269:18: note:   candidate expects 1 argument, 2 provided
/home/ceglab2/Downloads/dignn/bpp-phyl/src/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp: In static member function ‘static void bpp::PhylogeneticsApplicationTools::checkEstimatedParameters(const bpp::ParameterList&)’:
/home/ceglab2/Downloads/dignn/bpp-phyl/src/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp:1388:56: **error: cannot convert ‘const std::shared_ptr<bpp::Constraint>’ to ‘const bpp::Constraint*’ in initialization**
     const Constraint* constraint = pl[i].getConstraint();

make[2]: *** [src/CMakeFiles/bpp-phyl-shared.dir/Bpp/Phyl/App/PhylogeneticsApplicationTools.cpp.o] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:1111: recipe for target 'src/CMakeFiles/bpp-phyl-shared.dir/all' failed

make[1]: *** [src/CMakeFiles/bpp-phyl-shared.dir/all] Error 2
Makefile:162: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Я не знаю причину ошибки.

Я установил bpp-core: 

git clone https://github.com/BioPP/bpp-core.git

также я установил bpp-seq: 

git clone https://github.com/BioPP/bpp-seq.git

, но не могу установить bpp-seq.

Я использую CMake версии 3.10.2.

...