Это потому, что GNU tar
удаляет ведущий /
(по умолчанию). Чтобы избежать этого, вы можете переписать свой скрипт следующим образом:
#!/bin/bash
cd /home/user/work/tar
source="deneme"
source2="deneme1"
for i in {1..5}
do
mkdir -p ${source2}/${i}
tar -czvf ${source2}/${i}/${i}.tar.gz ${source}/${i}/
done