Это не должно быть проблемой. Это зависит среди прочего от количества кода, использующего каждую базу данных. Если у вас есть 50 классов, использующих базу данных A, и еще 50, использующих базу данных B, то, возможно, вы захотите разделить свое приложение на 2 отдельных приложения. Но если вы используете базу данных A в основном и базу данных B только с одним сервисом или чем-то в этом роде, то это нормально.
Нет правила, согласно которому вам нужно иметь отдельный микросервис для каждой базы данных. Вы должны решить сами или с вашей командой, стоит ли иметь несколько микросервисов, потому что это сопряжено с другими проблемами.