Сначала соберите файлы, которые вы хотите открыть, а затем передайте их по вызову вашей внешней программы:
Get-ChildItem -Path .\* -Include *.py | ForEach-Object {Start-Process -FilePath atom.exe -ArgumentList "`"$($_.FullName)`""}
При необходимости укажите путь к вашей внешней программе, а также список аргументов (именованные аргументы вместо позиционного например). Благодаря специальным кавычкам, этот оператор подготовлен даже для обработки имен файлов с пробелами.
Если эта строка слишком длинная для вашего * nix фона, вы можете уменьшить ее до:
gci *.py|%{start atom "`"$($_.FullName)`""}