Почему бы просто не иметь только один порт приема в оркестрации (активировать прием), который прослушивает сообщение OK.CTRL (маска файла в месте получения).
Затем внутри оркестровки используйте C# для доступа файловую систему и загрузите нужные вам файлы.
Однако я, вероятно, решил бы это, используя SQL серверные таблицы и хранимые процедуры. Затем просто сохраните каждое сообщение в таблице и получите хранимую процедуру, которую вы можете опросить из BizTalk, которая возвращает true, когда OK.CTRL получен в таблицу. Затем BizTalk может извлечь все сообщения и переслать их. Преимущество этого подхода в том, что вам вообще не нужна оркестровка.