Чтобы расширить предложение Torek, вы можете установить HOME только для одной git команды
HOME=/another/path git mycommand
Но чтобы отменить глобальную конфигурацию только для одного репозитория без изменения какой-либо переменной среды, вам необходимо изменить локальная конфигурация вашего репозитория, чтобы удалить конфигурацию из глобальной конфигурации, которую вы не хотите: локальная перезаписывает глобальные настройки.