cpulimit ограничивает использование ЦП путем многократной отправки сигналов SIGSTOP и SIGCONT процесса. Управляя синхронизацией между этими сигналами, нагрузка на процессор снижается.
Когда вы запускаете cpulimit вручную, вы, вероятно, уже запускаете PHP-скрипт в фоновом режиме. Сценарий фактически остановлен, но поскольку он работает в фоновом режиме, ваша оболочка считает, что вам все равно, и не сообщает об этом.
Когда вы включаете вызов cpulimit в сам скрипт, скрипт запускается на переднем плане, и ваша оболочка действительно сообщает об этом.
Вы увидите, что в обоих случаях cpulimit фактически выполняет свою работу, единственное отличие состоит в том, как ваша оболочка обрабатывает ситуацию.