Git вообще не хранит папок . Если у вас есть файлы a/one, a/two и a/three, это не папка с именем a с тремя файлами в ней, это три файла с именами a/one, a/two и т. Д.
Тем не менее, на сайте GitHub есть возможность сделать новый коммит с одним добавленным, измененным или удаленным файлом. Для процесса удаления одного файла см. https://help.github.com/en/github/managing-files-in-a-repository/deleting-files.
Обратите внимание, что вы будете делать один новый коммит каждый раз: вы начнете с некоторого существующего коммита, который имеет (скажем) три файла a/one, a/two, a/three, а также различные другие файлы. Вы выбираете один, удаляете его и делаете новый коммит: у этого нового коммита теперь есть два файла, имя которых начинается с a/, а также остальные файлы.
Теперь вы можете выбрать второй из трех файлы. Используя интерфейс, удалите его и зафиксируйте: новый коммит имеет только один a/ файл плюс все остальные. Выберите последний, удалите его и зафиксируйте: этот коммит не имеет a/ файлов; у него есть только остальные. Этот третий коммит имеет состояние, которое вы хотели.
Это, конечно, совершенно неправильный способ справиться с этим. Просто получите командную строку Git, клонируйте репозиторий, удалите все три файла, зафиксируйте один раз и используйте git push, чтобы отправить (один) коммит, в котором есть все остальные файлы, но эти три удалены. Или, если таких файлов больше (или меньше), чем три, вы все равно делаете один коммит, в котором есть все остальные файлы, но больше нет этих файлов.
Помните, что все существующие коммиты остаются без изменений. Новый коммит - это просто коммит, в котором по-прежнему есть все другие файлы, но отсутствуют файлы, имя которых на вашем компьютере потребует создания определенной папки c, поэтому при клонировании репозитория и его использовании этот коммит Git не создаст эту папку. не нужно для; файлы, которым нужна эта папка, не находятся в этом коммите.