Просто переместите каталог .git на один уровень вверх и git add -A все файлы. Для git это будет выглядеть так, как если бы существующие файлы были перемещены в подкаталог и появились новые файлы.
cd a/b
mv .git ../
cd ..
git add -A .
git commit -m 'Move git directory one level up'